Objetivo: Correlacionar los niveles de anticuerpos antinucleares obtenidos por las técnicas de inmunofluorescencia indirecta (FANA) e inmunoensayo lineal (ANA-LIA) en pacientes diagnosticados o con sospecha clínica de enfermedad autoinmune. Métodos: Se incluyeron 100 pacientes que dieron su consentimiento informado para participar en el estudio. Los ensayos e interpretación de los resultados de las pruebas de FANA y ANA-LIA se realizaron siguiendo las recomendaciones del fabricante. Resultados: el 97,4% de los pacientes estudiados eran de sexo femenino con edad promedio de 42 años, siendo la Artritis reumatoide, Poliartritis y Lupus Eritematoso Sistémico las enfermedades que con mayor frecuencia acompañaron la solicitud médica. Se observó que ambos métodos fueron positivos en el 21% de los casos y que el indice de correlaciòn de Kappa entre las pruebas fue moderado (k= 0,51; p< 0,05), la sensibilidad y especificidad de los métodos fue del 71,4% y 84,8% respectivamente, se observó también que para un determinado patrón fluorescente puede haber positividad de más de un antígeno de la prueba de ANA-LIA y viceversa. Conclusiones: FANA es el método de tamizaje aceptado en la práctica clínica para orientar hacia un diagnóstico clínico de enfermedad autoinmune más probable, debido a la subjetividad en la interpretación de sus resultados y necesidad de entrenamiento en la identificación de los patrones fluorescentes, se requiere del apoyo de otros métodos de laboratorio que permitan identificar con mayor precisión los antígenos reconocidos por los autoanticuerpos, ANA-LIA es una herramienta de laboratorio costo-efectiva de elevada sensibilidad y especificidad que se ajusta a este requerimiento.