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O SARS-CoV-2 é o betacoronavírus causador da COVID-19, composto por quatro proteínas estruturais. A proteína S destaca-se dentre as demais por mediar a entrada do vírus na célula hospedeira. A rápida disseminação do SARS-CoV-2 fez com que este apresentasse mutações decorrentes de suas novas cópias, o que culminou no surgimento de variantes de interesse e preocupação. Assim, o presente trabalho tem por objetivo investigar as similaridades das sequências genômicas e proteicas das variantes SARS-CoV-2 baseadas na estrutura S, bem como identificar os possíveis epítopos lineares de célula B. Foi realizado alinhamento múltiplo em ClustalW e confecção das árvores filogenéticas pelo software MEGA11. A estrutura secundária foi predita pelo servidor NPS pelo de consenso PHD, MLRC e DSC. A estrutura 3D foi realizada pelo servidor SWISS-MODEL e validada pela ferramenta MolProbity 4.4. Os epítopos foram preditos pelo programa IEDB, analisados manualmente quanto à sua conservação com posterior submissão no servidor AllerTOP 2.0. Desse modo, por meio dos métodos in silico foi possível identificar a predominância de mutações transicionais de C-T. Na filogenia verificou-se um padrão de agrupamento de distanciamento da variante Omicron indicando menor similaridade. Houve a predominância de folhas B na estrutura secundária da proteína S, com destaque para variante Omicron (34,88%). Os modelos obtidos na estrutura terciária, apresentaram mais de 90% dos resíduos em regiões favoráveis, correspondendo aos resultados obtidos na estrutura secundária. Na predição dos epítopos o epítopo S6 foi considerado 100% conservado, indicado na literatura com possível potencial imunogênico. Destarte, os resultados obtidos demonstram um importante mecanismo evolutivo de evasão imune pelo SARS-CoV-2, bem como a identificação de um epítopos altamente conservados e detectados em outras pesquisas, podem indicar possíveis candidatos para testes in vitro com ampla gama de proteção contra as variantes estudadas.