Se realizó una caracterización hidrogeológica de la cuenca del río Las Marías, Los Cóbanos, departamento de Sonsonate, El Salvador, con el objetivo de evaluar el sistema acuífero. El análisis incluyó el uso de herramientas hidrogeoquímicas, geofísicas y la información litológica disponible en la zona de estudio, la cual permitió plantear un modelo conceptual del acuífero y descartar la presencia de intrusión salina. Se determinó la existencia de dos acuíferos en la zona, el primero de ellos es un acuífero somero, de mediana producción, con un espesor variable de 0 m hasta 20 m, y es el que la población de la zona utiliza como fuente de abastecimiento de agua a través de pozos excavados con profundidades que no superan los 6 m y diámetros de hasta 1,5 m. De los análisis químicos se identificó la influencia de fuentes de contaminación antropogénica en la calidad del agua. Un segundo acuífero fue identificado con los sondeos eléctricos verticales y posiblemente esté siendo captado por pozos perforados privados que se ubican fuera del área de investigación. Mediante la elaboración de un balance hídrico se determinó que de los 1739 mm de precipitación anual, el 70,6% equivalente a 1217 mm corresponde a evapotranspiración real, el 13% (226mm) pertenece a la retención por la vegetación y el restante 16,4% (278mm) representa la recarga acuífera de la zona.