Se establecieron dos estaciones en un sector del rio Chotano, con el objetivo de evaluar la calidad del agua, empleando macroinvertebrados bentónicos como bioindicadores, para lo cual se utilizaron índices biológicos: IBMWP, ETP %, diversidad, riqueza, equidad, dominancia, la densidad y grupos tróficos. La recolección de los macroinvertebrados se realizó empleando la red tipo Surber, en dos períodos (seco y lluvioso). En la estación 1 se colectaron en promedio 710 ind/m2 distribuidos en 23 taxones de los órdenes díptera, efemeróptera y tricóptera y en la estación 2 se colectaron 16790 ind/m2, con 6 taxones de los órdenes haplotaxida y díptera, siendo las especies indicadores de polución orgánica, Chironomus sp, Tubifex sp y Psychoda sp, presentes mayormente en la estación 2. Los índices promedios más altos en la estación 1 a comparación de la estación  2 fueron, IBMWP con 60 puntos indicador de calidad de agua dudosa, moderadamente contaminada y 11 puntos, indicador de calidad muy crítica fuertemente contaminada, la diversidad de Shannon – Wiener 1,33 y 0,30 indicador de aguas con poca diversidad, la equidad de Pielou 0,50 muestran poblaciones más estables y 0,20 menos estables; los índices más bajos en la estación 1 comparando con la estación 2 fueron, dominancia de Simpson 0,37 indicador de poca dominancia y mayor diversidad y 0,9 indicador de mayor dominancia, menor diversidad y mayor polución orgánica.