Monitoring dan mitigasi bahan limbah organik menjadi hal penting untuk dilakukan dalam menjaga kelestarian lingkungan perairan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis gas hydrogen sulfide (H2S) yang terkandung di air limbah dan indeks kondisi kerang sebagai biomarker. Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan metode rancangan faktorial yaitu sebanyak 10 kerang hijau yang berukuran panjang kurang lebih 6 cm dimasukkan ke dalam akuarium yang berisi 5 liter air laut yang telah dikontaminasi dengan limbah organik yang bersumber dari tambak supra intensif sesuai dengan seri konsentrasi perlakuan yaitu; 50%, 35%, 15% dan 0 (kontrol) limbah orgnik. Pemaparan dilakukan selama 96 jam. Untuk keperluan data indeks kondisi dilakukan pengukuran morfometri kerang dan pengeringan daging kerang dengan suhu 800C selama 24 jam. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat perbedaan signifikan (p<0.05) penurunan hydrogen sulfide pada air media pemaparan kerang serta perbedaan indeks kondisi kerang berdasarkan seri konsentrasi perlakuan.