Introducción: las infecciones del sitio quirúrgico representan el 25% de las infecciones asociadas al cuidado de la salud, por lo que el procesamiento del instrumental de laparoscopia es de gran relevancia. La inmersión de este material en glutaraldehído al 2% para eliminar microorganismos ha demostrado ser costo-efectiva. Objetivo: describir información sobre el riesgo de adquirir infecciones del sitio quirúrgico tras el uso de instrumental de cirugía laparoscópica tratado con soluciones de glutaraldehído al 2%. Materiales y métodos: se realizó una búsqueda sistemática en las bases de datos LILACS, SciELO, JSTOR, OVID-Medline, PubMed-Medline, Scopus, Google Scholar y la Colaboración Cochrane de artículos publicados entre 1980 y 2013, que trataran sobre infecciones del sitio quirúrgico debido a instrumental laparoscópico procesado con glutaraldehído al 2%. Resultados: se seleccionaron nueve artículos, publicados en la India, Turquía, México y Brasil, seis referentes a casos de infección del sitio quirúrgico en pacientes sometidos a laparoscopia con material desinfectado con glutaraldehído al 2%, dos al aislamiento de microorganismos a partir de trócares laparoscópicos después de haber sido desinfectados con glutaraldehído al 2%, y uno a ambas evaluaciones. Conclusiones: las condiciones no óptimas de almacenamiento, preparación, limpieza y dilución del glutaraldehído al 2%, sumado al personal sin la debida capacitación para su manejo y la implicación de microorganismos atípicos como Mycobacterium masiliense como agentes causales de infección del sitio quirúrgico, están asociadas a la falta de efectividad del proceso de desinfección de alto nivel del instrumental laparoscópico, que lleva a reevaluar su uso en las instituciones de salud.