Determinar la frecuencia de coccidiosis y criptosporidiosis intestinal en pacientes diarreicos e infección con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), admitidos en un hospital de Chiclayo, Perú; así como, relacionarlo con el tiempo de diagnóstico, cantidad linfocitos T CD4+ y carga viral. Material y Método. Estudio observacional, prospectivo y transversal analítico. La muestra fue de  34 pacientes con infección por VIH y diarrea, durante el periodo marzo a diciembre del 2015. Para la detección de parásitos se realizó examen directo, concentración por flotación Sheather Sugar y tinción Ziehl Neelsen modificado; y para los factores, análisis documental de registros. Resultados. 22 pacientes tuvieron parásitos intestinales; 11 con coccidios intestinales, Cystosospora belli (36 %) y  Cryptosporidium sp (14 %). No se observó asociación entre tiempo de diagnóstico (p=0,157), cantidad linfocitos T CD4+ (p=0,754) y carga viral (p=1,000), y la coccidiosis y criptosporidiosis intestinal. Conclusiones. La coccidiosis y criptosporidiosis intestinal son infecciones frecuentes y que cuasan diarrea en pacientes con VIH en tiempos de Tratamiento Antirretroviral de gran actividad (TARGA).