Introducción. Uno de los microorganismos relacionados a las enfermedades transmitidas por alimentos a nivel mundial es Salmonella spp. El control sanitario de este patógeno es una de las principales preocupaciones en salud pública. La detección de Salmonella spp se realiza principalmente por métodos convencionales de cultivo y métodos rápidos automatizados, la diferencia entre ellos se centra en el tiempo de emisión de resultados. Los métodos automatizados son más rápido que los convencionales, tener los resultados en menos tiempo, es importante en salud pública. Objetivos. Comparar el desempeño de dos métodos rápidos para la detección de Salmonella spp, el método de reacción de la cadena de la polimerasa Assurance GDS System, y el inmunoensayo visual VIA TECRA, con el método convencional para la detección de Salmonella spp ISO 6579:2002, IDT, considerado de referencia internacional. Metodología. Se analizaron 96 muestras de carne fresca de pollo, proveniente de supermercados del área metropolitana de San Salvador. Las muestras fueron analizadas simultáneamente por los tres métodos en estudio. Se realizaron los cálculos de sensibilidad, especificidad, tasa de falsos positivos, tasa de falsos negativos y Chi cuadrado descrito por McNemar. Resultados. El método alternativo inmunoensayo, obtuvo los mejores resultados al compararlo los resultados del método convencional, se obtuvo un 88% de exactitud relativa, 88% de sensibilidad, un 86% de especificidad, 14% de tasa de falsos positivos y un 12% de tasa de falsos negativos, mientras que al realizar la comparación con el metodo Assurance GDS System se obtuvo un 85% de sensibilidad, un 81% de especificidad, 19% de tasa de falsos positivos y un 15% de tasa de falsos negativos. Al evaluar los datos discordantes y aplicar el test de Chi cuadrado, se determinó que no existe diferencia significativa entre los métodos evaluados (P≤0.05). Conclusiones. El método alternativo inmunoensayo visual, obtuvo los mejores resultados contra el método convencional.