-Some demographic parameters, the genetic structure and the evolution of the genetic variability of six French meat sheep breeds were analysed in relation with their management. Four of these breeds are submitted to more or less intense selection: the Berrichon du Cher (BCH), Blanc du Massif Central (BMC), Charollais (CHA) and Limousin (LIM); the other two breeds are under conservation: the Roussin de La Hague (RLH) and Solognot (SOL). Genealogical data of the recorded animals born from 1970 to 2000 and of their known ancestors were used. The most balanced contributions of the different flocks to the sire-daughter path was found in the SOL. In the BCH, a single flock provided 43% of the sire-AI sire path, whereas the contributions of the flocks were more balanced in the BMC and LIM (the only other breeds where AI is used to a substantial amount). The distribution of the expected genetic contribution of the founder animals was found to be unbalanced, especially in the BCH and LIM. The effective numbers of ancestors (founders or not) for the ewes born from 1996 to 2000 were equal to 35 (BCH), 144 (BMC), 112 (CHA), 69 (LIM), 40 (RLH) and 49 (SOL). Inbreeding was not analysed in the BMC, due to incomplete pedigree information. From 1980 on, the rates of inbreeding, in percentage points per year, were +0.112 (BCH), +0.045 (CHA), +0.036 (LIM), +0.098 (RLH) and +0.062 (SOL). The implications of the observed trends on genetic variability are discussed in relation to the genetic management of each breed. The need for a larger selection * Corresponding author: verrier@inapg.fr 638 M. Huby et al. basis in the BCH, the efficiency of the rules applied in the SOL to preserve the genetic variability and the need for a more collective organisation in the CHA and RLH are outlined. genetic variability / inbreeding / selection schemes / conservation programmes / sheep

Background To enhance and extend the knowledge about the global historical and phylogenetic relationships between Merino and Merino-derived breeds, 19 populations were genotyped with the OvineSNP50 BeadChip specifically for this study, while an additional 23 populations from the publicly available genotypes were retrieved. Three complementary statistical tests, Rsb (extended haplotype homozygosity between-populations), XP-EHH (cross-population extended haplotype homozygosity), and runs of homozygosity (ROH) islands were applied to identify genomic variants with potential impact on the adaptability of Merino genetic type in two contrasting climate zones. Results The results indicate that a large part of the Merino’s genetic relatedness and admixture patterns are explained by their genetic background and/or geographic origin, followed by local admixture. Multi-dimensional scaling, Neighbor-Net, Admixture, and TREEMIX analyses consistently provided evidence of the role of Australian, Rambouillet and German strains in the extensive gene introgression into the other Merino and Merino-derived breeds. The close relationship between Iberian Merinos and other South-western European breeds is consistent with the Iberian origin of the Merino genetic type, with traces from previous contributions of other Mediterranean stocks. Using Rsb and XP-EHH approaches, signatures of selection were detected spanning four genomic regions located on Ovis aries chromosomes (OAR) 1, 6 and 16, whereas two genomic regions on OAR6, that partially overlapped with the previous ones, were highlighted by ROH islands. Overall, the three approaches identified 106 candidate genes putatively under selection. Among them, genes related to immune response were identified via the gene interaction network. In addition, several candidate genes were found, such as LEKR1, LCORL, GHR, RBPJ, BMPR1B, PPARGC1A, and PRKAA1, related to morphological, growth and reproductive traits, adaptive thermogenesis, and hypoxia responses. Conclusions To the best of our knowledge, this is the first comprehensive dataset that includes most of the Merino and Merino-derived sheep breeds raised in different regions of the world. The results provide an in-depth picture of the genetic makeup of the current Merino and Merino-derived breeds, highlighting the possible selection pressures associated with the combined effect of anthropic and environmental factors. The study underlines the importance of Merino genetic types as invaluable resources of possible adaptive diversity in the context of the occurring climate changes.

After the recent publication of our article (Leroy, Genetics Selection Evolution 2009 41:5), we found several errors in the published Table Three, concerning the computation of contribution to withinbreed diversity (CW). We apologize to the readers for these errors, which are corrected in the present erratum. Table Three (see Table 1 of this erratum) of our recently published paper [1] contains several errors. Here we present the corrected version of Table Three (see Table 2 of this erratum) and explain the new data. The authors regret the errors. Correction Results Partition of diversityErrors concern the computation of the CW component developed by Ollivier and Foulley [2]. In the new version, CW ranged from -1 to 0.78. As aggregate diversity D is defined as a linear combination of CW and contribution to between-breed diversity, column D had also to be corrected, and ranged from -0.30 to 1.18. Consequently, the Pearson correlation between CW and ΔGD WS was found to be -1 (instead of -0.72 in the previous version), and the Pearson correlation between D and ΔGD T was found to be -0.59 (P = 0.008).

Avant-Propos : Anomalies génétiques Les anomalies génétiques sont observées depuis toujours par les éleveurs et ont été décrites depuis longtemps par les chercheurs. Toutefois, elles ont toujours eu une situation à part dans la sélection des espèces d’élevage. Si la sélection s’est structurée, organisée, raffinée, elle n’a le plus souvent concerné que des caractères économiquement importants mais dits « quantitatifs », c’est-à-dire des caractères au déterminisme génétique complexe soumis à la fois à des effets du milieu et un nombre important de gènes. Parfois, des gènes à effet majeur ont également été pris en compte (gène culard, gène « sans cornes », coloration, absence de plumes…). Mais les anomalies ont toujours été considérées comme un problème inévitable, éventuellement à cacher. Elles ont été peu prises en compte en sélection, elles ne font pas l’objet de déclarations dans le cadre du contrôle de performances usuel et, au contraire, jusqu’à récemment, faisaient plutôt l’objet d’éliminations, volontairement ou non, sans déclaration. Considérées comme rares, elles ont été intégrées dans les incompressibles pertes d’élevage. La situation se complique en général lorsqu’un reproducteur largement diffusé s’avère porteur d’une anomalie. L’anomalie change alors de statut : d’inconvénient inéluctable mais peu important, elle apparaît comme un problème majeur pour les éleveurs, source de contentieux, porteur d’une mauvaise image. Son éradication rapide devient prioritaire, et l’élimination des reproducteurs porteurs est généralement préconisée. Au cours des années 1990 et 2000, quelques cas dans l’espèce bovine, finalement peu nombreux, ont marqué les esprits par l’impact qu’ils ont eu dans les populations concernées quand les meilleurs taureaux du moment se sont révélés porteurs. De plus, aucun réseau « du déclarant au généticien » n’étant  mis en place, il a fallu du temps entre la déclaration des premiers cas et la disponibilité d’un test moléculaire permettant une éradication réellement efficace. Les anomalies génétiques sont inéluctables. Elles résultent de mutations de l’ADN qui sont un phénomène normal source de la diversité génétique. Souvent neutres, parfois fonctionnelles, les mutations peuvent dans des cas rares être responsables d’anomalies. Les populations d’élevage étant des populations génétiquement petites (malgré des effectifs physiques parfois très élevés), elles présentent des conditions favorables pour la diffusion et l’expression de ces anomalies, du fait de la dérive génétique et de la consanguinité. Contrairement à ce qui est parfois supposé, la sélection ne crée pas les anomalies, mais elle peut favoriser leur diffusion (l’augmentation de leur fréquence allélique et l’apparition de cas), de façon analogue aux antibiotiques qui ne créent pas de résistance, mais sélectionnent les populations bactériennes résistantes. On pense également à tort que les populations génétiquement petites présentent plus d’anomalies. Il est plus exact de dire qu’à effectif d’animaux identique, les populations génétiquement petites présentent un nombre d’anomalies différentes plus faible, mais un nombre de cas par anomalie plus élevé. Alors que la sélection est un modèle de rationalité, les anomalies sont longtemps restées hors de ce cadre. Une des raisons était sans doute le manque d’outils pour les éliminer. Une mise en place progressive depuis quinze ans et une accélération certaine des techniques de dépistage depuis le début des années 2010 a permis de définir un nouveau cadre pour intégrer les anomalies dans le processus de sélection. Tout d’abord, il est essentiel de disposer d’un système d’observation des anomalies. Les cas étant souvent rares et dispersés, il est essentiel que ce système soit largement implanté sur le terrain et que les informations soient centralisées, de façon à détecter les émergences le plus tôt possible, à partir de cas considérés éventuellement à tort comme sporadiques. Différents observatoires dédiés, souvent distincts du contrôle de performances classique, ont été mis en place à travers le monde et dans différentes espèces d’élevage ou de compagnie. Nous présentons dans ce dossier l’Observatoire National des Anomalies Bovines – ONAB ; https://www.onab.fr/ – (Grohs et al 2016) et la situation chez le porc (Riquet et al 2016). Ces dispositifs ont réellement montré toute leur efficacité lorsque les outils moléculaires les plus récents, de génotypage et séquençage, ont été disponibles, permettant de caractériser rapidement une anomalie à partir de quelques cas (Duchesne et al 2016). Ces outils génomiques peuvent même être utilisés pour orienter la recherche des anomalies avant leur observation (Fritz et al 2016). Enfin, il convient d’insister sur le fait que l’analyse de cas mais aussi de leurs ancêtres n’est possible que si d’excellentes collections d’échantillons sont stockées, comme c’est le cas pour l’ONAB ou pour le Centre de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques (CRB-Anim ; https://www.crb-anim.fr/). La situation est bien sûr très variable selon les espèces. L’impact d’une anomalie, et donc la prise de conscience des sélectionneurs, est plus élevé dans les espèces conduites en race pure et quand l’individu a une forte valeur. L’espèce bovine est caractérisée par un double réseau de phénotypage associé au conseil en élevage et au travers des vétérinaires, par une conduite en race pure quasi-exclusive, par une sélection puissante, devenue génomique. Elle connaît une évolution récente favorisant la détection des anomalies. La situation est également très avancée chez le chien, une espèce bénéficiant d’une bonne supervision vétérinaire et organisée en de nombreuses races pures d’effectifs génétiques très petits et souvent sujettes à des anomalies spécifiques. Aujourd’hui, la situation a beaucoup évolué, de sorte qu’un nombre croissant d’anomalies est mis en évidence, dans toutes les races, quel que soit le mode de reproduction prédominant (monte naturelle ou insémination artificielle). En revanche, leur prise en compte reste encore partielle, et rarement à la hauteur (c’est-à-dire parfois trop, parfois trop peu) de leur importance réelle. Nous proposons dans Boichard et al (2016) différentes approches pour inclure les anomalies de façon objective dans la sélection. Pour le chercheur, les anomalies sont des objets d’étude hors du commun. L’anomalie, en provoquant une perturbation sévère en dehors de la gamme physiologique normale, permet parfois de comprendre un mécanisme habituellement peu variable et donc peu étudiable autrement. On comprend ainsi mieux le rôle des gènes au travers de leurs effets lorsqu’ils sont mutés. Les mécanismes mis en jeu touchent souvent des voies fondamentales du vivant et, à ce titre, sont souvent transposables entre espèces. Les connaissances sont bien sûr bien plus avancées chez l’Homme ou les espèces modèles comme la souris et nous bénéficions de ces informations pour caractériser rapidement les mutations découvertes dans les espèces d’élevage. Mais parfois, une anomalie observée dans une espèce d’élevage peut aussi contribuer à résoudre des questions chez l’Homme, par exemple pour des maladies très rares alors que la structure des populations d’élevage avec de grandes familles permet l’étude de cas familiaux. Il arrive alors que l’espèce d’élevage, de même que le chien, prenne le rôle d’espèce modèle de pathologies humaines.