INTRODUCCIÓN. El Ecuador es uno de los países más biodiversos del mundo por lo que el estudio de su diversidad es de prioridad mundial. El 16 de marzo de 2020 el gobierno ecuatoriano decretó el estado de excepción, restricción de movilidad, suspensión de la jornada laboral y cierre de fronteras en el territorio nacional como medidas de protección y mitigación ante la declaratoria de pandemia por la enfermedad del COVID-19. La toma de estas resoluciones tuvo un efecto directo en el desarrollo y avance de estudios de la biodiversidad en el país. OBJETIVO.  Esta investigación busca evaluar los efectos de las medidas para enfrentar el COVID-19 en el desarrollo de investigaciones relacionadas a la biodiversidad del Ecuador. MÉTODO. Se empleó metodología cuantitativa. Se realizó un cuestionario de 14 preguntas a 130 investigadores dentro de este campo de estudio. El cuestionario fue anónimo y difundido por email y redes sociales. RESULTADOS. Hasta el momento de publicación, los investigadores se encuentran realizando en su mayoría actividades científicas, tales como escritura (56%) y análisis de datos (61%). Sin embargo, proyectan una reducción de presupuestos (55%) y producción científica (46%). Si analizamos la producción científica esperada por género, las mujeres esperan publicar menos (58%) que los hombres (36%) Hasta un 25% de los investigadores han considerado cesar las actividades de su proyecto de investigación antes de su culminación y esta tendencia es mayor en el caso de estudiantes de posgrado (52%). DISCUSIÓN Y CONCLUSIONES. Nuestra encuesta identifica un ambiente de incertidumbre entre los investigadores, en el que se espera una reducción en la producción científica, que posiblemente afecte en mayor medida a mujeres y a estudiantes.