OBJETIVO: Analisar os aspectos epidemiológicos das fissuras orais em crianças nascidas entre 2000 e 2005 no Estado do Rio Grande do Norte, Brasil. MÉTODOS: Realizou-se um estudo transversal com dados obtidos do Sistema de Informações sobre Nascidos Vivos (Sinasc) disponibilizados pela Secretaria de Vigilância em Saúde do Ministério da Saúde. Descreveu-se a faixa etária da mãe, o tipo de fissura, o tipo de parto, o peso ao nascer, o sexo, a etnia da criança e as regionais de saúde. RESULTADOS: Nesse período, o número de nascidos vivos no Estado foi de 318.667, dos quais 155 possuíam algum tipo de fissura de lábio e/ou palato, representando uma prevalência de 0,49 casos/1.000 nascidos vivos. Ao se avaliar a prevalência nas oito regionais de saúde, Grande Natal (0,51), João Câmara (0,81) e Santa Cruz (0,67) ficaram um pouco acima da média do Estado. Entretanto, existiram municípios com valores discrepantes dessa frequência, como o de Maxaranguape, com uma prevalência de 3,52 casos/1.000 nascidos vivos e Serra do Mel, com 2,52 casos/1.000 nascidos vivos. O tipo mais frequente foi fenda labial com envolvimento palatino, e o sexo masculino foi o mais atingido. CONCLUSÕES: A prevalência das fissuras orofaciais foi baixa para o Estado. Destaca-se que alguns municípios merecem atenção devido à alta prevalência da malformação, havendo necessidade de estudos para compreender os potenciais riscos teratogênicos aos quais a mulher grávida pode estar exposta e que propiciam anomalias congênitas, tais como as fissuras labiopalatais.