El estudio de la parasitología de animales silvestres de importancia económica en cautiverio es relevante, ya que la parasitosis se traduce en pérdidas por disminución de productividad, aumento de gastos veterinarios, infecciones secundarias y pérdida de ejemplares. El objetivo de este trabajo fue determinar la prevalencia y abundancia de la diversidad de endoparásitos presentes en Odocoileus virginianus y Mazama temama en cautiverio. Durante la temporada de lluvias y secas, se recolectaron 60 muestras fecales de seis ejemplares de O. virginianus y cuatro de M. temama de diferente edad y sexo; se usó la técnica de flotación con solución saturada de azúcar, para recolectar e identificar los parásitos mediante comparación anatómica. Se identificaron siete géneros de parásitos: Ascaris sp., Eimeria sp., Estrongilido sp., Strongyloides sp., Parascaris sp., Paragonimus sp., y Taenia sp., siendo los dos primeros con mayor abundancia en ambos cérvidos. La prueba de X2 determinó que la presencia de endoparásitos está asociada al sexo y a la especie de venado: machos y hembras de cada especie de venado, presentaron distinta prevalencia parasitaria. Parascaris sp. y Paragonimus sp., fueron parásitos que se encontraron solamente en O. virginianus. No se encontraron diferencias significativas (P>0.05) entre la abundancia de parásitos entre las épocas de lluvias y secas; el género Ascaris fue significativamente más abundante con respecto a otros parásitos (P<0.05). Esta información sirve para el control y prevención de parásitos de ungulados en cautiverio de importancia económica y para su conservación.