Kendala utama dalam budidaya tanaman manggis adalah lambatnya pertumbuhan fase seedling karena minimnya akar yang terbentuk. Untuk mengatasi masalah tersebut salah satu upaya yang dapat dilakukan yaitu dengan pemberian zat pengatur tumbuh pemacu pertumbuhan akar, salah satunya menggunakan ZPT alami dari ekstrak bawang merah dan tomat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh konsentrasi ekstrak bawang merah dan ekstrak tomat yang terbaik pada pertumbuhan seedling manggis. Kedua bahan ini dipilih sebagai sumber zpt karena bawang merah sering digunakan untuk pemacuan akar pada setek dan tomat sering digunakan sebagai bahan addenda pada media kultur jaringan. Penelitian ini disusun secara faktorial (3×2) menggunakan rancangan acak kelompok (RAK) dengan perlakuan ekstrak bawang merah konsentrasi 0 g L-1, 400 g L-1, dan 800 g L-1, dan ekstrak tomat konsentrasi 0 g L-1 dan 100 g L-1 yang diulang sebanyak tiga kali. Data dianalisis dengan sidik ragam dan uji lanjut BNT pada taraf 5%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pemberian ekstrak bawang merah konsentrasi 400 g L-1 dapat meningkatkan diameter batang, bobot segar tanaman, dan menunjukkan kecenderungan perlakuan yang terbaik pada jumlah akar sekunder seedling manggis. Pemberian ekstrak tomat 100 g L-1 dapat meningkatkan bobot segar tanaman dan terjadi interaksi antara pemberian ekstrak bawang merah dengan ekstrak tomat pada luas daun. Pada perlakuan ekstrak bawang merah konsentrasi 400 g L-1 tanpa penambahan ekstrak tomat atau perlakuan ekstrak tomat 100 g L-1 tanpa ekstrak bawang merah menghasilkan luas daun yang lebih tinggi dibandingkan dengan penggunaan kedua campuran ekstrak tersebut.