Introdução: De etiologia multifatorial, a lombalgia não específica é caracterizada por dor persistência (> 3 meses) e perda gradual da função/funcionalidade. Por afetar ambos os sexos e ser altamente prevalente na população trabalhadora, constitui importante causa de absenteísmo. Objetivo: Comparar a evolução clínica de pacientes diagnosticados com lombalgia inespecífica tratados com sulfato de magnésio (MgSO4) associado a iontoforese (I) e MgSO4 associado à fonoforese (F). Métodos: Neste ensaio clínico, a sensação de dor foi avaliada através da escala visual analógica (EVA) e questionário de dor de McGill. O questionário Roland-Morris Brasil de Incapacidade Lombar foi o instrumento utilizado para avaliar a funcionalidade. A amostra foi composta por 24 pacientes divididos sequencialmente em dois grupos (I: 11 e F: 13). A evolução clínica dos pacientes (diferença pré-pós) foi comparada ao final das intervenções. Resultados: Houve redução significativa na sensação de dor (I: -55%, p = 0,001; F: -27%, p = 0,08) e melhora na funcionalidade em ambos os grupos (I: -54%, p = 0,001; F: -55%, p = 0,02), mas não foi observada diferença significativa entre os grupos. Os resultados agrupados em metanálise para avaliar os desfechos de flexibilidade, funcionalidade e força também demonstram similaridade entre as intervenções. Conclusão: Dadas as condições clínicas estudadas, ambas técnicas podem alcançar resultados similares. Embora não haja dados que apoiem a recomendação de uma técnica em substituição a outra, novos estudos podem aumentar o tamanho amostral e esclarecer melhor algumas tendências de superioridade observadas no tratamento álgico com MgSO4 associado à iontoforese.