El Parque Nacional Huatulco (PNH) protege el último arrecife al sur del Pacífico mexicano, considerado como una piedra angular y reservorio genético de diversas especies marinas. La composición íctica del PNH se determinó mediante una revisión bibliográfica y censos visuales entre 2015 y 2019. Se registraron 196 especies, lo que representa un incremento de 46 especies respecto a estudios previamente conducidos en el PNH. La curva de acumulación de especies construida a partir de estimadores no paramétricos sugiere que esto representa 75% de la fauna esperada. En un contexto regional, el PNH posee una alta riqueza y diversidad taxonómica. La partición de la diversidad-β entre áreas naturales protegidas (ANP) mostró que el reemplazo de especies es mayor al anidamiento, lo que sugiere que hay un importante recambio íctico entre ANP. El PNH posee un ensamblaje íctico diferente en términos de riqueza y diversidad taxonómica comparada otras ANP, por lo cual se deben de procurar estrategias de mitigación de impactos antrópicos, conservación de áreas núcleo y de amortiguamiento en el ANP, vigilar las áreas de aprovechamiento y generar estrategias de difusión científica con la finalidad de preservar el pool genético.