Los estudios sobre la fauna acuática de ecosistemas kársticos tropicales son escasos, lo que dificulta entender su dinámica, así como reglamentar su conservación. En este contexto, entre octubre de 2016 y abril de 2017 se desarrolló un estudio para caracterizar las comunidades de peces y macroinvertebrados acuáticos que habitan las corrientes asociadas con ecosistemas kársticos de los municipios de San Luis y Sonsón (Antioquia, Colombia) y su relación con las condiciones ambientales internas y externas mediante métodos estandarizados de recolección y tratamiento de datos biológicos y fisicoquímicos. Además, se determinó la composición y la abundancia de especies de peces y macroinvertebrados, así como los índices ecológicos de diversidad y dominancia, y los de bioindicadores de la calidad de agua (BMWP/Col) con base en macroinvertebrados bentónicos. La variabilidad espacial y temporal, así como la relación entre los parámetros ambientales y biológicos, se estableció mediante análisis de varianza y discriminantes canónicos. Los resultados evidenciaron que los macroinvertebrados más abundantes fueron los efemerópteros de las familias Leptoplebiidae y Baetidae (Thraulodes sp y Camelobaetidius), los coleópteros de la familia Elmidae (Microcylloepus) y los tricópteros de las familias Hydropsychidae (Leptonema) y Philopotamidae (Chimarra). Entre los peces la especie más representativa fue Poecilia caucana. A pesar de que ninguno de estos organismos evidenció una dependencia particular con las variables físicas y químicas del agua, sí mostraron preferencia por el exterior de las cavernas, aunque con movilidad entre los compartimentos del sistema en función del tipo de cobertura vegetal y la oferta de recursos de cada caverna, lo que sugiere una dependencia entre el estado de conservación del bosque, los vertebrados y la vida acuática de las cavernas.