Introducción. La pudrición blanda en los cultivos es causada por un grupo de bacterias capaces de secretar enzimas que degradan la pectina de la pared celular de las plantas y ocasionan pérdidas económicas importantes en la agricultura a nivel mundial. En Costa Rica existe poca información acerca de la distribución, hospederos y diversidad genética de los agentes causales de esta enfermedad. Objetivo. Identificar la presencia de bacterias causantes de pudrición blanda en hortalizas de la zona de Cartago y Alajuela con análisis moleculares, enzimáticos y técnicas de patogenicidad. Materiales y métodos. El estudio se llevó a cabo entre julio y octubre de 2017 en Cartago y Alajuela, Costa Rica. Se recolectaron plantas con síntomas de pudrición blanda en: chile dulce (Capcicum annum), hojas y bulbos de cebolla (Allium cepa), plantas de zucchini (Cucurbita pepo), frutos de tomate (Solanum lycopersicum) y plantas de papa (Solanum tuberosum). Se realizaron aislamientos bacterianos en un medio selectivo de cristal violeta y pectato (CVP). Se efectuaron ensayos de reacción hipersensible (RH), los aislamientos se inocularon en hojas de chile dulce y se llevaron a cabo pruebas de patogenicidad (postulados de Koch) para las bacterias positivas. Los aislamientos se identificaron molecularmente mediante el gen ARN-Ribosomal 16S. Resultados. Se aislaron cinco bacterias con actividad pectinolítica: Pt1-A, 6-M2, Ech2A, CfspA y Cfsab. Según el análisis de patogenicidad, las cepas CfspA, Cfsab y Ech2A fueron causantes de pudrición blanda en chile. No se logró reproducir los síntomas en cebolla y papa. De acuerdo con la identificación molecular, las cepas CfspA y Cfsab se clasificaron dentro del clado de Pectobacterium carotovorum, mientras que Ech2A se clasificó como Raoultella terrigena. Conclusión. Las bacterias Raoultella terrigena y Pectobacterium carotovorum se consideraron los agentes causales de pudrición blanda del chile en las zonas de Cartago y Alajuela, respectivamente.