The advent of NGS (Next Generation Sequencing) technologies has resulted in an exponential increase in the number of complete genomes available in biological databases. This advance has allowed the development of several computational tools enabling analyses of large amounts of data in each of the various steps, from processing and quality filtering to gap filling and manual curation. The tools developed for gap closure are very useful as they result in more complete genomes, which will influence downstream analyses of genomic plasticity and comparative genomics. However, the gap filling step remains a challenge for genome assembly, often requiring manual intervention. Here, we present GapBlaster, a graphical application to evaluate and close gaps. GapBlaster was developed via Java programming language. The software uses contigs obtained in the assembly of the genome to perform an alignment against a draft of the genome/scaffold, using BLAST or Mummer to close gaps. Then, all identified alignments of contigs that extend through the gaps in the draft sequence are presented to the user for further evaluation via the GapBlaster graphical interface. GapBlaster presents significant results compared to other similar software and has the advantage of offering a graphical interface for manual curation of the gaps. GapBlaster program, the user guide and the test datasets are freely available at https://sourceforge.net/projects/gapblaster2015/. It requires Sun JDK 8 and Blast or Mummer.
Expressivo número de municípios amazonenses se encontra localizado em áreas carentes em agregados pétreos, o que leva os construtores de pavimentos a adotarem alternativas que, em retrospecto histórico, propiciam pavimentos de deficiente resistência mecânica. Conquanto mais eficaz e apropriado do ponto de vista técnico, o concreto betuminoso usinado à quente é normalmente evitado por conta da indicada carência estadual em agregados pétreos. Em face do peculiar contexto amazonense, revela-se recomendável à circunstância em testilha a adoção de agregados sintéticos de argila calcinada (ASAC), com matéria-prima abundante (argila) no Amazonas. Trabalhos anteriores, realizados pelo Grupo de Geotecnia da Universidade Federal do Amazonas, demonstram que solos argilosos, costumeiramente empregados para produção de material cerâmico, podem produzir agregados sintéticos com adequadas propriedades mecânicas. Nesta pesquisa, amostras com características similares às desses solos foram encontradas na rodovia BR-319, que liga Manaus (AM) a Porto Velho (RO). Trata-se de estrutura, em geral, a ostentar péssimas condições de tráfego, incluída, de maneira justificável, como um dos alvos da política pública de recuperação de rodovias, conduzida pelo Ministério dos Transportes. Neste estudo, dosaram-se misturas asfálticas com agregado sintético e com seixo rolado oriundo do leito dos rios amazonenses, a fim de se comparar o desempenho mecânico de tais misturas por meio da determinação do módulo resiliente (MR). Os resultados, em regra, denotam que as misturas asfálticas confeccionadas com agregado sintético de argila calcinada, quando confrontadas com aquelas confeccionadas com o material natural (seixo), apresentaram: (a) maiores resistências à tração e aos módulos resiliente; (b) baixa tendência à deformação, assim como uma recuperação elástica considerável e (c) menor susceptibilidade às deformações permanentes.
ABSTRACT. This study aimed to evaluate the effects of fertigation with humic substances, with and without the addition of plant extracts, on the root system of the 'BRS Princesa' banana cultivar. The banana crop was cultivated at a spacing of 2.0 x 2.5 m and fertigated using a drip system in a dystrocohesive Yellow Latosol. The experimental design was randomized blocks, in a split-split-plot scheme with five replicates, for the following factors: humic substance doses and presence of a plant extract formulation. The treatments consisted of five doses of humic substances, based on a reference dose of 14.14 L ha , in the presence and absence of plant extract. The variable root length (cm) was subjected to variance analyses to evaluate the effect of the humic substances, either isolated or in interaction with plant extract and soil depth. The use of the plant extract increased the effect of the humic substance on root length but overshadowed its effect for the different doses of humic substance. Root length was not sensitive to increasing humic substance dose with plant extract for doses of up to 42.42 L ha -1 at 0 -0.40 m depth.
Fertigation with humic substances products has been adopted in commercial banana tree plantations. However, there are few studies on the procedure to confirm its technical feasibility. This study aimed at assessing the effects of fertigation with humic substances on the chemical attributes of a Dystric Densic Xantic Ferralsol cultivated with the 'BRS Princesa' banana tree cultivar and on the agronomic performance of the orchard. The experiment was conducted using a randomized blocks design, with six treatments and four replications. Treatments consisted of a monthly application of humic substances doses based on the commercially recommended reference dose for the banana plantation (12.09 kg ha-1 cycle-1). The doses used were equivalent to percentages of the reference dose (100 %, 150 %, 200 %, 250 % and 300 %), in addition to the control. No significant effects of the fertigation with humic substances that could justify the use of the product at the doses assessed were observed on the soil chemical attributes, banana growth and yield.
A ideia central do cultivo orgânico de alimentos é adotar técnicas de cultivo mais sustentáveis, que permitam o uso mais racional dos recursos e a conservação do agrossistema. O objetivo desse trabalho foi estudar os efeitos da condução orgânica e do uso de cobertura morta sobre os atributos físicoquímicos do solo e avaliar o uso de níveis de irrigação e de cobertura morta no desempenho da bananeira 'BRS Tropical'. Adotou-se um delineamento experimental em blocos casualizados, com seis tratamentos e quatro repetições, em esquema fatorial 3x2, com parcelas subdivididas no espaço, sendo três níveis de irrigação baseados na evapotranspiração da cultura (ETc) nas parcelas: L1 (100% ETc); L2 (75% ETc) e L3 (50% ETc) e o uso de cobertura morta (com e sem uso) no solo, na forma de restos culturais de bananeira, nas subparcelas. Os efeitos da condução orgânica e cobertura morta sobre os atributos físico-químicos do solo foram avaliados no tempo. Durante o cultivo foram registrados aumentos na macroporosidade e porosidade total do solo. O uso de cobertura morta influenciou positivamente a disponibilidade de água, conteúdos de fósforo, potássio, cálcio e magnésio, acidez potencial e teor de matéria orgânica. A produtividade e a qualidade dos frutos da 'BRS Tropical' não foram influenciadas pela aplicação de cobertura morta ou pela redução da lâmina de irrigação em até 50 %.Palavras-chave: bananicultura orgânica, Musa spp, qualidade do solo.
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.
customersupport@researchsolutions.com
10624 S. Eastern Ave., Ste. A-614
Henderson, NV 89052, USA
This site is protected by reCAPTCHA and the Google Privacy Policy and Terms of Service apply.
Copyright © 2024 scite LLC. All rights reserved.
Made with 💙 for researchers
Part of the Research Solutions Family.