Este artículo muestra la importancia de la MML y la aplicación que de esta metodología realizan los semilleros de investigación en la zona centro sur -ZCSUR de una Universidad a distancia.  La investigación realiza el inventario de todos los semilleros de la Universidad en la zona, determina cada uno de los aspectos teóricos de la MML e indaga por medio de una encuesta realizada a los 30 semilleros de la zona Centro Sur, sobre diferentes metodología y técnicas que guían el trabajo del semillero, tomando como referente la matriz de marco lógico (MML). Se encontró que es deficiente el desempeño de los semilleros en la utilización de metodologías como la MML y se realiza un comparativo entre lo que se hace o lo que debe hacerse resaltando las ventajas que trae la aplicación de la metodología para el incremento en la producción y efectividad de los semilleros de investigación.