Frente à relevância de propostas de ações que abordem o universo do crescimento e desenvolvimento da criança, sob a ótica interdisciplinar e compreendendo o planejamento e a organização dos serviços de saúde como medida indispensável para a gestão do cuidado, desenvolveu-se o presente trabalho. O objetivo é apresentar a elaboração de um protocolo de organização e um fluxograma do primeiro atendimento em âmbito hospitalar ao neonato com fissura labiopalatal, proposto por diferentes categorias profissionais que integram a equipe pedagógica e de assistência em um hospital escola. O material foi elaborado por profissionais residentes atuantes na prática clínica sob a ótica do aprendizado interprofissional, após a assistência de um neonato com fissura labiopalatal. Como ponto de apoio, foi realizada uma revisão nas principais bases de dados científicas em saúde e reuniões para discussões. Os dados resultantes foram sistematizados e embasaram o desenvolvimento de um protocolo de organização interdisciplinar e um fluxograma, norteadores da atenção à saúde infantil em situações de fissura labiopalatal. Conclui-se que a atividade oportunizou a integração do conhecimento, do aprendizado e da relação de prática clínica colaborativa entre os profissionais e permitiu padronizar as condutas assistenciais referentes ao cuidado aos recém-nascidos fissurados.