La variación genética es considerada un punto de apoyo para conservar y manejar los recursos naturales a nivel mundial. Su determinación se lleva a cabo por medio de marcadores bioquímicos o moleculares dentro de los cuales las izoencimas y alozimas han sido los primeros y más utilizados para evaluar la estructura, abundancia y distribución de muchas especies ícticas con base en la estimación de índices de variación génica, caracterizando, por ejemplo, los stocks o la potencialidad de las especies para cultivo. En el caso del bagre rayado Pseudoplatystoma fasciatum distribuido en la cuenca del Magdalena y el Amazonas, se observaron ciertas diferencias estructurales a partir del patrón electroforético de 10 locus correspondientes a: ME-1, mMDH-A, α-EST-1, α-EST-2, PGM-A, G6PDH, ADH-1, ODH, AO-1 y FUM. Se reconocieron de manera preliminar algunos alelos privativos y otros de baja frecuencia para Leticia (Amazonas) y Dorada (Magdalena). La mayoría de sistemas analizados fueron el monomórfico en Magdalena, salvo la α-EST-1 y en Amazonas existió una proporción similar entre monomórficos y polimórficos, con 5 locus monomórficos (ODH,AO-1, mMDH-A, ADH-1 y α-EST-1). Sin embargo, estas diferencias no correspondieron a una variabilidad alta ya que muchos genotipos presentaron bajas frecuencias. De manera tal que la relativa heterogeneidad está basada en el aislamiento reproductivo por las condiciones geográficas de las cuencas, en donde la variabilidad debe ser evaluada a nivel intrapoblacional para tener una idea más clara de la dinámica actual de cada cuenca. Posiblemente los individuos sufren procesos dispersivos (mutación, deriva, selección) o sistemáticos (n poblacional, inclusión de individuos o muerte, errores metodológicos) que explicarían la coexistencia de genes deletéreos. Con este estudio se espera pueda ser base para un análisis global de este recurso biológico-pesquero endémico en Colombia para otorgar la relevancia de proyectos de vanguardia que aporten el conocimiento sobre la estructura y variación génica de las diferentes especies que habitan en el territorio patrio, sin olvidar el papel fundamental que juega la relación entre la conservación y la explotación sostenible para la economía y biodiversidad del país.