Objetivo: avaliar a prevalência do HPV e seus genótipos, utilizando a técnica de reação em cadeia de polimerase (PCR), em pacientes soropositivas e soronegativas para o HIV. Métodos: estudo transversal no qual foram avaliadas 79 mulheres. Dentre elas, 41 eram portadoras do vírus HIV constituindo o grupo estudado, e 38 soronegativas para o HIV, atendidas em uma Unidade Básica de Saúde, e compuseram o grupo controle. Todas as participantes foram submetidas a teste sorológico para detecção do HIV e procuraram de forma espontânea, e pela primeira vez, o atendimento de ginecologia nos serviços mencionados. Estas mulheres responderam ao questionário padrão e foram submetidas a exame ginecológico, com coleta de material da cérvice uterina para citologia oncótica e para detecção do DNA-HPV e seus genótipos. Para análise estatística realizaram-se os testes de Kruskal-Wallis, do χ 2 ou o exato de Fisher. Foi considerada significância estatística p<0,05. Resultados: os dois grupos analisados demonstraram semelhanças quanto às características demográficas, antecedentes obstétricos e ginecológicos, exceto DST prévia. Diferenciaram-se quanto ao exame ginecológico atual e à citologia oncótica cervical. Houve diferença significante em relação à presença do DNA-HPV nos dois grupos (p<0,05). Das pacientes infectadas pelo HIV, 73,2% apresentaram resultado positivo para o DNA-HPV, comparado a 23,8% dentre as soronegativas (OR=8,79; IC 95%: 2,83-28,37). Em relação aos genótipos não se percebeu nítido predomínio de um subtipo específico de HPV em relação aos grupos infectados ou não pelo HIV, assim como foi similar a freqüência dos tipos não identificáveis. Constatouse predominância não significante (p>0,05) da infecção múltipla por HPV nas soropositivas (50,0%), e a combinação mais freqüentemente encontrada foi a dos tipos 6, 11 e 16. A infecção simples por HPV nas soronegativas ocorreu em 66,6% das pacientes. O tipo 16 foi o mais freqüentemente encontrado, representando 44,4% do total das infecções simples nos dois grupos. Conclusões: as mulheres soropositivas pelo HIV apresentaram maior prevalência do DNA-HPV na cérvice uterina, em relação às soronegativas. Não houve maior predominância de tipos específicos de HPV quando os dois grupos foram comparados. Houve tendência de infecção por múltiplos tipos de HPV nas portadoras de HIV, ao passo que a infecção simples predominou nas soronegativas.