ÖZETAmaç: HCV, tek zincirli 9500 nükleotid uzunluğunda bir RNA virusdür. Genomun 3' ve 5' uçlarında oldukça korunmuş ve farklı HCV tipleri arasında %92 oranında homoloji gösteren iki adet translasyona uğramayan bölge (untranslated region=UTR) bulunmaktadır. 5'UTR bölgesi genotip saptanmasında kullanılmaktadır. Çalışmada genotip ve bu bölgedeki nük-leik asid değişiklikleri araştırılmıştır. ABSTRACT Objective: HCV is a single-stranded RNA virus which has 9500 nucleotide. On the 3' and 5' ends of the genome, there are two untranslated regions (UTR) which are highly protected and which have 92% homology among various HCV types. 5' UTR is used for the genotype detection. In this study, genotype and nucleic acid changes in this region were analyzed.
Material and Methods:In 51 patients diagnosed with HCV, HCV-RNA was isolated and purified from serum samples. The 341 nucleotide-long UTR region at the 5'end of the genome was sequenced and genotypes were detected. Nucleotide changes were analyzed with on-line BLAST program.Results: In 45 (88.2%) of 51 patients, genotype-1 (78.4% of all genotypes were 1b, 9.8% were 1a) was detected. In 41 (80.4%) of the 51 sequences, nucleic acid changes were detected. These changes generally occurred as an insertion in codon 84 ; deletion in codon 43 and codon 46; transversion in codon 15, 17 and 18, and transition in codon 62. No significant relationship was found between viral load and nucleic acid changes.
Conclusion:Although the 5'UTR region is a protected region, mutation can be observed, and the mutations may affect the genotype, viral load and treatment response. Therefore, further investigation is required in a large series.Key Words: HCV, Genotyping, 5' UTR nucleotid changes : 30.03.2010: 30.03. Accepted: 21.07.2010 Giriş Hepatit C Virüs (HCV) enfeksiyonu, kronik hepatit, karaciğer sirozu ve karaciğer kanserine yol açabilen önemli bir sağlık sorunudur. Dünyada 130-170 milyon kişinin hepatit C virusu (HCV) ile infekte olduğu ve prevalansın yaklaşık %2.2-3 arasında olduğu tahmin edilmektedir (1). Ülkemiz dünya haritasında prevalansı %1-1.9 arasında olan ülkeler içinde yer almaktadır (2).
ReceivedHepatit C Virüsü, Hepacivirüsler genusunda Flaviviridae ailesinde yaklaşık 40-50 nm çapında, dışta lipid zarf taşıyan bir virüstür (3, 4). HCV'nin genomu tek zincirli pozitif sens bir RNA molekülüdür. Yaklaşık 9500 baz uzunluğundadır ve tek bir protein kodlayıcı bölge, open reading frame (ORF) içerir. ORF genomun büyük bir kısmını kapsamaktadır ve yaklaşık 3010 aminoasit uzunluğunda bir poliproteini kodlar. HCV genomunun her iki ucunda (5' ve 3') ise ürüne dönüşmeyen (untranslated region, 5'UTR, 3'UTR) bölgeler bulunmaktadır (3, 5).Hepatit C viruslarında görülen yüksek mutasyon potansiyeli sayesinde fenotip kısa sürede değişebilir. Bunun biyolojik etkileri, konak savunmasından kaçan mutasyonların oluşması, hücre tropizminde ve virulansta değişiklik ve antiviral ajanlara direnç şeklinde olabilir. Virus-konak ilişkilerinde etkili olabilecek genotipler ve mutasyonlar hakkında daha detaylı bi...
