Este trabajo presenta una metodología flexible para diseñar un sistema de microtránsito usando vehículos eléctricos. La metodología propuesta está constituida por cinco etapas. Primero, la estimación de la demanda de la población objetivo realizada por medio de encuestas. Segundo, se caracterizan y comparan las capacidades tecnológicas de los medios de transporte potenciales. Tercero, se caracterizan las distintas posibles rutas para el microtránsito para cada opción tecnológica y se escoge la mejor, tomando en cuenta las necesidades del usuario. Esto se logra por medio de herramientas de toma de decisiones y simulación por medio de eventos discretos que representa el funcionamiento del sistema. Finalmente, evaluamos el impacto ambiental que se genera al implementar este nuevo medio de transporte en una ruta de microtránsito. La metodología propuesta es flexible y puede ser aplicada tanto en sistemas de microtransito público como privado. Presentamos un caso de estudio para validar los resultados de la metodología en un campus universitario en Colombia.