A consolidação da Atenção Primária à Saúde (APS) requer políticas públicas embasadas por evidências científicas. Este artigo apresenta o estudo ELECT, cujo objetivo foi identificar temas prioritários de pesquisa para a fortalecimento da APS no estado de São Paulo, Brasil. Com a participação de especialistas e de um grupo focal com usuários, foi obtida uma lista com os vinte principais obstáculos, bem como dez temas de pesquisa prioritários, na APS. Os resultados apontam para problemas e temas de pesquisas relacionados à: organização da gestão, capacitação de profissionais e gestores, valorização profissional, criação de mecanismos de colaboração entre equipes de saúde e informatização dos recursos. Espera-se, assim, estimular o debate no contexto da APS sobre o papel da priorização de pesquisas, seus obstáculos e proposições de pesquisa. Almeja-se, também, estimular a adoção de modelos mais participativos de seleção de temas de pesquisa.