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Resumo Introdução Tratamentos têm sido propostos para a peri-implantite com o objetivo de descontaminar a superfície dos implantes, removendo microrganismos que podem estar associados à doença. Objetivo O objetivo deste estudo foi avaliar a ação in vitro de diferentes métodos de aplicação de digluconato de clorexidina (CLX) na descontaminação de discos de titânio (Ti) com microtopografia e seu efeito físico-químico sobre a superfície. Material e método Vinte discos de Ti foram expostos a inóculo de Escherichia coli por 24 horas. Foram distribuídos em quatro grupos de descontaminação (n=5): 1 - um minuto de exposição à solução de CLX 0,12%; 2 - dois minutos de exposição à solução de CLX 0,12%; 3 - esfregaço durante um minuto com gel de CLX 1%; 4 - esfregaço durante um minuto com gel de CLX 2%. O produto de cada disco foi diluído e plaqueado individualmente. Após 24 horas, realizou-se contagem das unidades de colônias formadas (UFC). Resultado O grupo com o menor número de crescimento de UFC foi o grupo 4 (0,20±0,37), com apenas UFC em uma das amostras. Seguido do grupo 2 (0,40±0,73), grupo 1 (18,60±33,96). O grupo 3 apresentou as maiores quantidades de UFC (36,07±41,39). Em todas as amostras, foi possível observar uma diminuição estatisticamente significante da concentração superficial de Ti, assim como um aumento de Oxigênio. Conclusão Pode-se concluir que o uso de CLX gel a 2% em superfícies de Ti com microtopografia contaminadas com E. coli propicia a eliminação das UFC e que sua aplicação resulta em diminuição do percentual de Ti e aumento do teor de O.