-The objective of this work was to characterize 27 potato genotypes, using molecular markers. Polyacrylamide gel electrophoresis, RAPD techniques and isozymes of esterase, phosphoglucomutase and soluble proteins were analyzed in tubers, and isocitrate dehydrogenase, aspartate transaminase, phosphoglucomutase and peroxidase, in leaves. Eighteen primers were tested and four were chosen, kits OPX (01, 04 and 09) and OPY (07), to analyze RAPD markers in leaf extracts. Similarity and cluster analysis were conducted using Jaccard coefficient and the unweighted pair-group method using arithmetic average. Despite the differences detected in the analysis of proteins and isozymes in the tubers, as well as of isozymes in the leaves, the characterization of all genotypes through gel electrophoresis was not possible, while RAPD markers were efficient to characterize all the 27 genotypes.Index terms: Solanum tuberosum, electrophoresis, isozymes, RAPD, genetic similarity. Caracterização de genótipos de batata por marcadores molecularesResumo -O objetivo deste trabalho foi caracterizar, por meio de marcadores moleculares, 27 genótipos de batata. Foram empregadas técnicas de eletroforese em gel de poliacrilamida e RAPD, e analisadas isoenzimas de esterase, fosfoglucomutase e proteína em tubérculos, isocitrato desidrogenase, aspartato transaminase, fosfoglucomutase e peroxidase, em folhas. Dos 18 primers testados, foram selecionados quatro dos kits OPX (01, 04 e 09) e OPY (07) para análise de RAPD em folhas. As análises de similaridade e de agrupamento entre os genótipos foram feitas empregando-se o coeficiente de Jaccard e o método da média aritmética não ponderada. Apesar das diferenças observadas nas análises de proteína e de isoenzimas, em tubérculos e em folhas, não foi possível a caracterização de todos os genótipos por esta técnica, enquanto os marcadores RAPD mostram-se eficientes em caracterizar as cultivares e clones de batata.Termos para indexação: Solanum tuberosum, eletroforese, isoenzimas, RAPD, similaridade genética.