Los sistemas agroforestales de producción de café tienen un alto potencial de secuestro de carbono (C) debido a la diversidad de especies leñosas usadas como sombra. El objetivo del presente estudio fue evaluar el potencial de captura de carbono en la biomasa leñosa aérea de Inga jinicuil en los sistemas agroforestales de café en San Juan Tepanzacoalco, Ixtlán, Oaxaca. Además, se estudió la relación entre el carbono secuestrado y las variables fisiográficas (pendiente y altitud) y edáficas (conductividad eléctrica, contenido de materia orgánica, nitrógeno, fósforo, potasio y calcio). En un área de 120 ha se seleccionaron aleatoriamente 60 sitios cuadrados de 100 m2. Se obtuvo información dasométrica y se analizó el C en tejidos leñosos, que sirvieron para cuantificar c secuestrado. En promedio, el volumen de biomasa leñosa de tallos y ramas fue de 3.09 m3 sitio-1; con peso específico de 0.51 g cm-3 y biomasa leñosa de 157.6 Mg ha-1. El carbono constituye aproximadamente 40.8 % de la biomasa leñosa de la especie estudiada, la cual se estimó que almacena 64.3 Mg C ha-1. Las variables de mayor influencia en el contenido de carbono fueron la pendiente y altitud del sitio, la edad del cafetal, la conductividad eléctrica y profundidad del suelo.