Con el objetivo de determinar la frecuencia viral y las características clínico-epidemiológicas en los episodios de infección respiratoria aguda de pacientes del Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja en Lima, se analizó la información de los episodios de pacientes que requirieron al menos una prueba de inmunofluorescencia directa desde el 1 de enero del 2017 al 31 de diciembre del 2018. Se identificaron 1153 episodios en 707 pacientes. La mediana de la edad fue de 1 año y el 55% fueron del sexo masculino. La frecuencia viral fue del 13,4%; el virus respiratorio sincitial se identificó en el 10,7% de los episodios. La frecuencia viral fue mayor en los menores de 1 año (16,2%); en aquellos con enfermedad congénita respiratoria (38,9%) y durante el otoño (24,2%). Los síntomas más comunes fueron tos (70,3%) y fiebre (53,4%); y los principales diagnósticos fueron neumonía viral (31,8%) y bronquiolitis (23,4%). Se concluye que la frecuencia viral respiratoria estuvo relacionada con la edad, estacionalidad y patología preexistente.