La Organización Mundial de la Salud cataloga a mujeres, lactantes, niños y adolescentes como los principales expuestos a la malnutrición. En Ecuador según la Encuesta Nacional de Salud y Nutrición del año 2018 la prevalencia de sobrepeso y obesidad en escolares es del 35.4%. Determinar el rendimiento académico y su relación con el estado nutricional en escolares de la Unidad Educativa del Milenio Sayausí de la ciudad de Cuenca-Ecuador, en el periodo lectivo septiembre de 2022 julio de 2023.Estudio observacional, analítico y de corte transversal. Universo finito, conformado por 960 escolares de la Unidad Educativa del Milenio Sayausí. Tamaño muestral 530 participantes aleatorizados calculado por la fórmula de Fisher y Navarro, mediante criterios de inclusión y exclusión. Los datos fueron anonimizados y codificados. La información se analizó a través de la herramienta estadística SPSS, obteniendo tablas para llegar a una conclusión. La media de edad de la población fue de 8,84 años; El 50,6% fueron hombres y el 49,4% mujeres; 47,2% tiene estrato socio-económico III; El 42,8% de los participantes domina los aprendizajes requeridos; El 8,7% presentó desnutrición, el 12,3% obesidad y el 16,6% sobrepeso, representando 37,5% de malnutrición. Se encontró asociación estadísticamente significativa entre rendimiento académico y estado nutricional OR 1,60 (IC95%:1,12-2,30) y el valor p = 0,011. Se encontró asociación estadísticamente significativa entre el rendimiento académico y el estado nutricional de los escolares de la Unidad Educativa del Milenio Sayausí. Recomendamos implementar plan preventivo para estudiantes y comunidad en general para brindar información nutricional.