La complexité de la pandémie de COVID-19 révèle d’importants débats méthodologiques et des défis quant à l’articulation de différentes approches de recherche. La recherche sociétale actuelle concernant la COVID-19 met en évidence la nécessité d'une étude holistique de la situation de la pandémie de COVID-19, fondée sur une approche de recherche multidisciplinaire. L'approche multidisciplinaire apparaît indispensable pour saisir l'ennemi invisible qu’est le virus SARS-COV-2 et ses conséquences sociétales à « l’effet domino ». Dans cet article, nous proposons des pistes de réflexion concrètes qui s’appuient sur les approches méthodologiques de l’intelligence collective et de co-design. En effet, celles-ci permettent d’engager une logique de fertilisation croisée des disciplines en positionnant l’objet d’étude au centre des préoccupations de chacune des disciplines convoquées. C’est à partir de cette fertilisation croisée que le projet CoviZion pourra évoluer en passant d’un dispositif multidisciplinaire à un dispositif interdisciplinaire voire transdisciplinaire permettant une lecture à 360 degrés de la situation sociétale complexe et inédite qu’est la crise COVID-19. Cette approche transdisciplinaire est essentielle et connaît des implications importantes, notamment celle de fournir des outils permettant une meilleure efficacité dans la gestion des crises sanitaires par les politiques de santé publiques particulièrement.

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La compréhension des modes d’actions biologiques des virus dans une cellule hôte est un sujet complexe pour lequel nous pensons que les solutions optiques pourraient apporter des éléments de réponse nouveaux. Cependant, les dimensions des particules virales sont environ 3 fois plus petites que la résolution d’un microscope optique. Nous proposons de tester une nouvelle stratégie instrumentale et computationnelle, reposant sur la microscopie multiphotonique, pour visualiser des objets dont les dimensions sont de l’ordre de quelques centaines de nanomètres. Cette stratégie repose sur la prise en compte de la réponse impulsionnelle de l’instrument (PSF pour Point Spread Function) in situ, modélisée mathématiquement. A partir de ce modèle qui prend en compte les distorsions optiques locales, un post-traitement numérique des images est appliqué en vue d’optimiser la qualité visuelle des images. Nous faisons des tests sur deux populations de virus : les Cytomégalovirus (CMV) et le SARS-CoV-2.