Introducción. Las malformaciones congénitas se vigilan de manera rutinaria, sin embargo se requiere profundizar en el análisis de factores de riesgo. El objetivo fue determinar la incidencia y prevalencia de malformaciones congénitas para el periodo 2016-2017 en el departamento de Caldas y explorar los factores de riesgo maternos. Metodología. Estudio retrospectivo y descriptivo con fuente de información secundaria a partir de los casos notificados por Caldas al Sistema Nacional de Vigilancia en Salud Pública de Colombia en el periodo 2016-2017. Resultados. Entre 2016 y 2017 ocurrieron 18,979 nacimientos en Caldas, de los cuales 282 presentaron malformaciones congénitas, con una prevalencia de 14.8 por cada 1,000 nacidos vivos. La mayor frecuencia de malformaciones se encontró en el sistema osteomuscular con 101 casos (35.8%), seguido del sistema nervioso central con 43 casos (15.2%). La media de edad de las madres fue de 26.2 DE=7.2 años. Se encontró asociación estadísticamente significativa entre el tipo de malformación congénita y la edad materna (P <0.05), al excluir para el análisis las edades entre 21 y 33 años. Discusión. Se ha pasado de un registro del nivel local hospitalario al nivel nacional a través de registros poblacionales con cobertura nacional. Se evidencia la necesidad de trascender del monitoreo al análisis a profundidad de factores de riesgo. Conclusiones. La incidencia y prevalencia de malformaciones congénitas de Caldas sigue la tendencia nacional y regional. La edad materna es un factor de riesgo sensible para la prevención primaria de malformaciones congénitas.