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El departamento del Meta cuenta con un elevado potencial hidrológico que se traduce en oportunidades para los sectores agrícola, pecuario y ambiental. Por otra parte, se han incrementado considerablemente las actividades de la industria petrolera, lo cual ha traído nuevos retos y amenazas a la región. En consecuencia, los ríos del departamento se ven afectados por vertimientos de diferentes tipos, por captaciones y por modificaciones de los entornos de ribera y de los ambientes bentónicos. Sin embargo, es poco lo que se conoce acerca de estos sistemas y de las comunidades de microalgas y macroinvertebrados que los habitan, las cuales cumplen un papel fundamental en el funcionamiento ecológico de los ríos. Por esta razón se analizan las características más relevantes de dichas comunidades y se discuten las modificaciones que las actividades humanas provocan sobre la estabilidad ecológica de los ríos en un contexto regional. Adicionalmente, se presenta un listado de los taxones de microalgas perifíticas y macroinvertebrados bentónicos registrados para el departamento del Meta.