Kondisi ekosistem terumbu karang di perairan Siantan Selatan telah mengalami penurunan akibat penangkapan ikan yang tidak ramah lingkungan seperti penggunaan bom dan potassium. Kerusakan terumbu karang mengakibatkan penurunan produtivitas dan keanekaragaman ekosistem terumbu karang. Analisis indeks kesehatan terumbu karang bertujuan untuk menggambarkan dan membandingkan kondisi terumbu karang di beberapa lokasi. Sehingga penelitian ini bertujuan untuk menilai indeks kondisi kesehatan terumbu di 22 stasiun penelitian yang terletak di tiga lokasi yaitu, Pulau Kiabu, Pulau Bawah dan Pulau Telaga. Analisis indeks kesehatan terumbu karang dilakukan berdasarkan presentase tutupan karang, biomassa ikan karang dan tingkat resiliensi. Hasil penelitian menunjukkan Pulau Telaga memiliki nilai indeks kesehatan terumbu karang tertinggi dengan nilai berkisar 5 -10, sedangkan Pulau Kiabu dan Pulau Bawah dengan nilai 2 - 7 dan 3 - 8. Analisis korelasi biomassa ikan karang dengan presentase tutupun karang menujukkan korelasi positif dimana tutupan karang yang tinggi memiliki biomassa ikan yang tinggi.