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Depuis une vingtaine d’années, l’évaluation de l’état de conservation des habitats est devenue un élément important des plans de gestion d’espaces naturels. La transposition de la Directive Habitats-Faune-Flore (92/43/CEE) (DHFF) dans le code de l’environnement fournit un cadre réglementaire pour l’évaluer à l’échelle d’un site Natura 2000. Le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) a été chargé de proposer des méthodes à l’intention des gestionnaires afin de standardiser les évaluations et produire un diagnostic utile à la gestion. En se centrant sur la notion d’habitat (terrestre et marin) et sur son évaluation, nous proposons dans cet article des définitions afin de combler certaines lacunes identifiées et de préciser le concept d’état de conservation. La nécessité de se situer dans le cadre d’une typologie est évoquée avec ses avantages et ses limites. En considérant l’habitat comme un système complexe selon les théories générales des systèmes, son état de conservation traduit l’état de ses composantes ainsi que de leurs interactions, entre elles et avec l’environnement. Évaluer l’état de conservation implique ainsi d’évaluer la structure, la composition et les fonctions d’un habitat, qui sont interdépendantes. La nécessité d’évaluer amène à faire des choix, il s’agit de définir «l’état optimal souhaité» comme objectif théorique à long terme, et «l’état favorable choisi» comme proposition de cible opérationnelle pour les gestionnaires. Ces choix de seuils doivent être éclairés par des éléments scientifiques, tout en s’insérant dans le contexte socio-économique et culturel pris en compte par la DHFF. Nous discutons également de l’influence de la dynamique des habitats sur la définition des états de conservation. Enfin, certains choix méthodologiques clés sont présentés, notamment la place des espèces dans l’évaluation des habitats et les liens possibles entre diagnostic et gestion.

L’inventaire des Zones naturelles d’Intérêt écologique faunistique et floristique (ZNIEFF) a pour objectif d’identifier et de décrire des secteurs présentant un intérêt pour la biodiversité patrimoniale. L’identification et la création des ZNIEFF reposent sur la présence d’espèces dites « déterminantes » et inscrites sur des listes élaborées au niveau régional. L’UMS PatriNat (OFB-CNRS-MNHN) a mobilisé les données d’occurrence des espèces déterminantes issues de l’Inventaire national du Patrimoine naturel (INPN) et de l’inventaire des ZNIEFF dans le but de dresser des bilans de la connaissance des ZNIEFF existantes. Ces bilans permettent d’évaluer le niveau de cohérence et de complétude de l’inventaire et identifient, de par leur assemblage en espèces déterminantes, les secteurs à enjeux biologiques qui ne sont pas encore pris en compte par le réseau actuel des ZNIEFF. Dans cette étude, le processus d’analyse, allant de l’élaboration de la liste d’espèces déterminantes à la localisation des ZNIEFF par rapport aux points chauds de biodiversité, est illustré à travers l’exemple des Mollusques continentaux des Pays de la Loire. Dans ce cas précis, les résultats mettent en évidence de réelles lacunes de connaissance pour ces espèces qui nécessiteraient de renforcer, soit la mobilisation et le partage des données naturalistes, soit le niveau de prospection en réalisant de nouveaux inventaires. L’amélioration des connaissances est une condition préalable à un processus de cercle vertueux qui permettrait de renforcer les modèles de localisation des secteurs à enjeux, régionaux et nationaux. Cela permettrait également d’actualiser la liste des espèces déterminantes servant de base à un nouveau diagnostic.