Sclerocarya birrea (A. Rich.) Hochst. est un fruitier oléagineux d’Afrique. Les fortes mortalités après plantation sont dues à l’affectation inappropriée des plants dans les zones écologiques. La caractérisation phénotypique des plantules a pour objectif de déterminer dès le jeune âge des caractères d’adaptation aux conditions écologiques. L’étude porte sur 494 plantules originaires des populations de You, Yarci, Gonsé et Diapangou-Peulh au Burkina Faso. Celles-ci appartiennent à quatre localités circonscrites dans trois zones climatiques. Les résultats montrent que la levée groupée assure la présence de générations chevauchantes à l’intérieur des populations. L’analyse de variance qui fait apparaître des différences intra- et inter-population sur la majorité des variables traduit la diversité phénotypique des plantules. L’analyse en composantes principales montre des caractéristiques spécifiques à chaque population. Le dendrogramme de la classification ascendante hiérarchisée permet d’identifier trois groupes : G1 : Gonsé (55,88 %), Yarci (23,52 %) et You (20,58 %) ; G2 : You (46,15 %), Yarci (42,30 %), Diapangou-Peulh (7,69 %) et Gonsé (3,84 %) ; G3 : Diapangou-Peulh (90 %), Yarci (5 %) et You (5 %). Ces trois groupes traduisent le rapprochement phénotypique entre individus. Ces résultats mettent en évidence l’existence des gains génétiques pour la sélection individuelle et populationnelle. Ils montrent également que ces populations ne sont pas menacées d’impasse évolutive à court terme. L’étude des héritabilités indique que les caractères les plus héritables sont la hauteur de la tige (28,31 %), la longueur de la racine principale (44,30 %), le nombre de racines secondaires (81,89 %), le poids frais des racines (73,47 %) et le poids sec des racines (28,86 %). L’architecture du système racinaire traduit la capacité d’adaptation de Sclerocarya birrea à différents types de sols. Compte tenu de ces résultats, la sélection sur les caractères adaptatifs au jeune âge peut être envisagée.