Por las estrechas relaciones que pueden establecer con los ambientes que ocupan, los murciélagos han sido sugeridos como bioindicadores ideales de la perturbación de los ecosistemas naturales. Analizamos la composición de especies de murciélagos insectívoros aéreos, por medio de llamadas, en ambientes contrastantes como claros y bosques tropicales, con la finalidad de analizar la influencia de estas perturbaciones naturales sobre la composición de los ensambles. Durante mayo del 2009 se evaluó la presencia de murciélagos insectívoros por medio de un sistema de grabación ultrasónico de división de frecuencia. Se encontraron diferencias significativas en la composición entre bosques y claros (Jaccard= 0,308), con una alta variación en la composición dentro de los sitios de bosque y una muy alta similitud entre los sitios de claros. Se discute el efecto potencial de los claros en la composición y uso por murciélagos insectívoros y el efecto potencial sobre el método de muestreo.