Introdução: O transplante de córneas é o principal tratamento para pessoas que apresentam distúrbios de curvatura ou transparência da córnea. No Brasil, não há protocolo unificado para meios de preservação, tempo de armazenamento e antibióticos utilizados. A preocupação é a de que patógenos possam ser transferidos aos receptores de transplantes. Objetivo: Realizar o levantamento da microbiota ocular de doadores de córneas a fim de verificar uma possível correlação com infecções em receptores e, dessa forma, auxiliar na melhoria de metodologias e protocolos de armazenamento de córneas. Método: Foi conduzido a partir de revisão da literatura, nas bases de dados PubMed, SciELO e nos portais: periódicos da CAPES, Anvisa, Ministério da Saúde e ABTO, entre 2018 e 2020. Resultados: Estudos baseados em cultivo de microrganismos trazem Staphylococcus coagulase negativa (SCN) de 30% a 100% das amostras isoladas de conjuntivas. Em menor quantidade estão Streptococcus, Corynebacterium e Propionibacterium. Bactérias Gramnegativas aparecem em número inferior, representadas pelos gêneros Haemophilus, Neisseria, Pseudomonas, Enterobacter, Escherichia, Proteus e Acinetobacter. Já as técnicas independentes de cultivo trazem Pseudomonas como a principal colonizadora da conjuntiva. Também apresentam uma diversidade maior de colonizadores, mostrando um potencial campo de estudos, no qual a superfície ocular pode ter uma diversidade muito maior de espécies e potenciais agentes patogênicos. Os principais meios de preservação utilizados no Brasil levam os antimicrobianos gentamicina e estreptomicina em sua composição, porém estudos têm mostrado que as bactérias presentes nos meios de preservação são resistentes a esses antibióticos. Conclusões: Os dados apontam para a necessidade de reavaliação da eficiência desses meios de preservação na descontaminação das córneas para transplante.