La interpretación de la diversidad biológica puede resultar muy compleja, ya que existe una dinámica basada en el origen y en la diversificación de las especies, así como en los efectos antrópicos, tales como la introducción de especies invasoras, cuya consecuencia puede conducir a la extinción local de especies nativas. El objetivo de este trabajo fue analizar la variación temporal (2012 y 2017), tanto en composición como en distribución de la ictiofauna a lo largo del río Atacames, noroccidente del Ecuador. En 2012 se registró: 1) la presencia de Astyanax ruberrimus que se extinguió localmente para el 2017; y 2) la presencia de la tilapia (Orechromis niloticus) como única especie introducida a la que se sumó el guppy (Poecilia gillii) para el 2017. Adicionalmente, el aumento en las actividades humanas condujo a un arreglo en la diversidad, abundancia y distribución de peces a lo largo del cauce, lo que determinó además que algunas especies se dispersaran hacia la zona alta de la cuenca.