Kualitas perairan berkaitan dengan kondisi lingkungan setempat ditambah adanya peranan dari ekosistem mangrove di Pusat Informasi Mangrove (PIM), Pekalongan yang mampu menyimpan karbon lebih tinggi, sehingga perlu dilakukan uji parameter kualitas perairan dan uji sedimen. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan nilai dari kualitas perairan berupa salinitas, suhu, pH, DO, TSS, total fosfat, dan nitrat dengan nilai baku mutu, serta menghitung kandungan Karbon Organik Total (KOT) dan ukuran butir sedimennya. Titik sampel ditentukan secara purposive. Pengujian total fosfat menggunakan metode SNI 06.6989.31.2005, nitrat menggunakan metode SNI 06.2480.1991, TSS menggunakan metode SNI 06.6989.3.2004, dan parameter lainnya merupakan parameter sedangkan KOT sedimen menggunakan metode %LOI dan ukuran butir sedimen menggunakan metode dry sieving dan wet sieving. Hasil penelitian ini menunjukkan nilai-nilai dari kualitas perairan masih batas aman untuk kawasan mangrove, sedangkan untuk KOT berkisar antara 2,8% - 10,5% dengan ukuran butir sedimen dominan berupa pasir dan lanau. Kata kunci : Kualitas air; Sedimen, Karbon Organik Total, Pusat Informasi Mangrove, Pekalongan AbstractWater quality is related to the surrounding environmental condition. The role of the mangrove ecosystem in Pusat Informasi Mangrove (PIM), Pekalongan, is to store carbon in high numbers. Thus, a water quality parameter and sediment examination are necessary.This research aims to compare  water quality values in terms of salinity, temperature, pH, DO, TSS, total phosphate, nitrate, with existing quality standards and calculate Total Organic Carbon (TOC) content and grain size of the sedimentThe sample point was determined purposively. The total phosphate examination applied SNI 06.6989.31.2005 method, nitrate examination applied SNI 06.2480.1991 method, and TSS examination applied SNI 06.6989.3.2004 method.  The other parameters are located in-site, while TOC used the %LOI method and grain size of sediment used dry sieving and wet sieving method. The result confirmed that the water quality values in the mangrove area are still within the safe limits, while the TOC ranged from 2,8% to 10,5%, with the dominant sediment grain size in the form of sand and silt.Keywords : Water quality; sediment, Total Organic Carbon, Mangrove Information Center, Pekalongan