Contextualización: la piroplasmosis equina es una enfermedad transmitida por garrapatas, causada por protozoarios de la especie Babesia caballi y Theileria equi. Los animales afectados presentan diferentes signos clínicos que incluyen anemia, fiebre, ictericia y depresión. Los equinos infectados con T. equi pueden ser portadores de manera vitalicia del parasito, mientras que aquellos que contraen B. caballi pueden diseminarlo por algunos años hasta finalmente quedar libres de la infección. Vacío de investigación: en Colombia existen pocos estudios sobre el aislamiento e identificación de hemoparásitos en equinos mediante técnicas moleculares como reacción en cadena de la polimerasa. Dentro de estos parásitos se encuentran Babesia caballi y Theileria equi, agentes causantes de la Piroplasmosis una enfermedad de declaración obligatoria por la Organización Mundial de Sanidad Animal (OIE). Propósito del estudio: el objetivo de este estudio fue identificar la Piroplasmosis equina mediante PCR en un criadero localizado en el municipio de Jamundí (Valle del Cauca). Metodología: de un total de 20 ejemplares, divididos en dos grupos, (animales estabulados y animales en potrero), se colectó sangre periférica para realizar frotis teñidos con Wright. Además, se enviaron otras muestras al laboratorio para diagnóstico molecular. Resultados y conclusiones: todas las muestras con Wright fueron negativas a hemoparásitos, sin embargo, por PCR convencional fue posible identificar piroplasmosis. La PCR fue un método sensible y confiable para diagnosticar la enfermedad en un individuo asintomático. Más estudios deben ser realizados en esta región sobre Babesia sp., para identificar sus posibles factores predisponentes y causales, así como para mejorar las medidas de prevención, control y tratamiento.