Espécies de tilápias comercializadas no Centro de Abastecimento da cidade de Feira de Santana, Bahia (CAFS), foram utilizadas no presente trabalho para avaliar a condição dos rios da Bacia do Paraguaçu. Foram realizados testes de micronúcleo pisceo, sendo que sete coletas foram efetuadas nos meses de maio a agosto de 2008 e 22 espécimes de tilápias foram adquiridas. Três modelos de protocolos diferenciados foram utilizados. No primeiro modelo, as três etapas foram realizadas no mesmo dia, secagem do esfregaço, fixação com Metanol 100% e coloração com Giemsa 10%. No segundo, somente a secagem foi efetuada no dia da coleta, sendo as demais etapas realizadas 24 horas depois. No terceiro e último, apenas a coloração foi realizada no dia subsequente. Do total de 20.000 células foram encontrados 119 micronúcleos, indicando a ação de genotóxicos nas células dos peixes. Seu consumo em larga escala pode estabelecer cadeia de contaminação por genotóxicos da população de Feira de Santana. Sugere-se a realização de estudos adicionais para identificação do agente e da cadeia de contaminação para que sejam implementadas medidas sanitárias para o restabelecimento das condições de saúde e qualidade de vida da população afetada.