INTRODUÇÃO: A pandemia de COVID-19 é a primeira experiência de distanciamento social indicado em larga escala. É importante observar suas repercussões sobre os alunos de medicina pela influência na formação e práticas futuras. OBJETIVO: Assim, investigou-se os efeitos da quarentena sobre a saúde mental dos acadêmicos e suas relações com rotinas de estudo e práticas a partir do referencial da socialização médica. MÉTODO: Realizou-se pesquisa qualitativa, junto aos estudantes da Faculdade de Medicina da X - Rio Janeiro-RJ, aplicando-se questionário eletrônico semiestruturado e análise de conteúdo para interpretar os resultados. RESULTADOS: A maioria dos alunos referiu se sentir negativamente afetada pela quarentena. Mudanças nas condições de ensino e interações sociais, preocupação com riscos e consequências para pessoas significativas, história anterior de sofrimento mental, condições sociais de maior vulnerabilidade, especialmente entre as alunas se associaram aos efeitos negativos. CONCLUSÃO: A pandemia ressaltou o entrelaçamento de diferentes aspectos que configuram a formação e bem-estar dos alunos tornando urgente fortalecer estratégias de acolhimento e refletir sobre os efeitos da formação na expressão do sofrimento e busca de cuidados.