Introducción: una tendencia actual en la educación superior es fusionar materias y articular las asignaturas integradas; sin embargo, hay menor rendimiento y un incremento de la reprobación. Se ha descrito como favorable la aplicación de evaluaciones de procesos como instrumentos de enseñanza y aprendizaje en ciencias de la salud, criterio pertinente de considerar en asignaturas de gran volumen de contenidos. El objetivo de este trabajo fue valorar el efecto de la evaluación del proceso sobre una asignatura integrada de anatomía y fisiología en estudiantes de ciencias de la salud y su relación con el rendimiento. Materiales y métodos: estudio experimental con 144 estudiantes de la Escuela de Ciencias de la Salud en la asignatura de Estructura y Función, distribuidos en dos grupos: control y experimental. Se diseñó e implementó una intervención metodológica para evaluar su efecto en el rendimiento académico. Resultados: la intervención del proceso en el grupo control experimental mejoró el rendimiento comparado con el grupo control tanto en el promedio como en las evaluaciones parciales de cada unidad (t-test < 0.05). En el grupo experimental se registró un incremento del rendimiento entre el 59 % y el 83 % de los estudiantes. Adicionalmente, la mejora progresiva modificó la condición de reprobación a aprobación en un 27% de los estudiantes tras la intervención (Anova: p < 0.05). Conclusión: la incorporación de evaluaciones de proceso parece ser una favorable herramienta para descomprimir las materias, aplicar lo aprendido, realizar seguimiento a las metodologías de estudio y mejorar el rendimiento de los estudiantes.