México es considerado centro de origen del chile (Capsicum annuum L.) y tiene dos grupos de chiles: los comunes (disponibles en todo el país) y los locales. La presente investigación se realizó con el propósito de conocer el comportamiento de los genotipos de chile Huacle negro, rojo y amarillo (chiles locales de Cuicatlán, Oaxaca, utiliza dos para elaborar el mole negro), así como evaluar su rendimiento y calidad bajo condiciones de invernadero con dos sistemas de producción: orgánico e inorgánico, con aplicación y no aplicación de rizo-bacterias Azospirillum sp. La siembra se realizó en charolas de 200 cavidades, utilizando peat moss como sustrato. Los sustratos utilizados fueron: arena + compost con la dosis de a) 20% y b) 35% y para el testigo c) arena al 100%. Las macetas se colocaron a doble hilera en tresbolillo espaciadas a 30 cm entre planta y planta y 80 cm entre pasillos. El diseño experimental utilizado fue en bloques completamente al azar con dos repeticiones y una unidad experimental de 8 macetas por genotipo. Las siguientes variables: altura de planta, número de hojas por planta, peso verde y seco de la parte aérea de la planta, peso verde y seco de la raíz, y número de frutos por planta mostraron valores más altos en el sistema de producción convencional a base de sustrato con arena al 100% y solución nutritiva inorgánica. El rendimiento en seco y la calidad del fruto (diámetro polar, ancho de la cavidad y grosor de pulpa) fueron mayores en el sistema de producción orgánico a base de compost y aplicaciones de Azospirillum. Se puede concluir que los genotipos de chile Huacle, el genotipo negro, se adaptaron de manera favorable al sistema de producción orgánico con dosis de 20% de compost y aplicaciones de Azospirillum.