-The objective of this work was to characterize the populations of Gossypium barbadense in the states of Amapá and Pará, Brazil. In situ characterization was conducted through interviews with the owners of the plants and environmental observations. Leaf or petal tissue as well as seed samples were collected for genetic characterization by single sequence repeats markers and for storage in germplasm banks, respectively. The plants were maintained in dooryards and used mainly for medical purposes. The genetic analysis showed no heterozygous plants at the loci tested (f = 1), indicating that reproduction occurs mainly through selfi ng. The total genetic diversity was high (H e = 0.39); and a high level of differentiation was observed between cotton plants from the two states (F ST = 0.36). Conventional methods of in situ maintenance of G. barbadense populations are not applicable. The conservation of the genetic variability of populations present in the two states could be achieved through germplasm collection and establishing of ex situ seed banks.Index term: cotton, genetic diversity, germplasm, SSR markers. Caracterização in situ e genética de Gossypium barbadense dos Estados do Pará e do AmapáResumo -O objetivo deste trabalho foi caracterizar populações de Gossypium barbadense dos estados do Amapá e Pará. A caracterização in situ foi conduzida por meio de entrevistas com os proprietários das plantas e por observações sobre o ambiente. Tecidos de folhas ou de pétalas, além de sementes, foram coletados para a caracterização genética com marcadores SSR ("single sequence repeats") e para o armazenamento em bancos de germoplasma, respectivamente. As plantas eram mantidas em fundos de quintal e usadas, principalmente, para fi ns medicinais. As análises genéticas não mostraram plantas heterozigotas nos locos testados (f = 1), o que indica que a reprodução ocorre principalmente por meio de autofecundação. A diversidade genética total foi alta (H e = 0,39), e um alto nível de diferenciação foi observado entre as plantas de algodoeiro dos dois estados (F ST = 0,36). Métodos convencionais para a manutenção in situ das populações de G. barbadense não são aplicáveis. A conservação da variabilidade genética das populações presentes nos dois estados deve ser realizada pela coleta de germoplasma e pela constituição de bancos de sementes ex situ.Termos para indexação: algodoeiro, diversidade genética, germoplasma, marcadores SSR.