O diagnóstico da COVID-19 possui diferentes testes para sua confirmação. O teste padrão-ouro é o de reação da transcriptase reversa seguida pela reação da cadeia da polimerase (RT-PCR) para SARS-CoV-2, através da coleta de swab nasofaríngeo. Esse teste pode apresentar algumas complicações que merecem discussão na literatura, com destaque para a perfuração de ossos da base do crânio com evolução clínica de fístula liquórica iatrogênica. O objetivo deste estudo é relatar um caso de fístula liquórica iatrogênica diagnosticada com base na história, decorrente de swab nasofaríngeo para pesquisa de SARS-CoV-2 em paciente sem história pregressa de anomalias anatômicas de base de crânio. O desfecho do caso foi cirúrgico, sendo realizada septoplastia e sinusotomia etmoidal e esfenoidal à esquerda. Diante disso, nota-se a necessidade de instrução dos profissionais de saúde especialmente quanto a realização correta do teste, bem como da relevância da história pregressa do paciente no que tange a condições neurológicas e otorrinolaringológicas prévias, a fim de evitar a iatrogenia e possíveis complicações.