Toda investigación debe estar orientada por principios Bioéticos. Investigación cualitativa, con enfoque de estudio de caso, con el objetivo analizar las problemáticas Bioéticas y Biojurídicas asociadas a los proyectos de investigación identificadas por los Comités de Ética de Investigación en salud en humanos. Participaron integrantes de Comités de Ética de Investigación en salud en humanos de Medellín y su Área Metropolitana; fueron realizadas entrevistas semiestructuradas, seguidas de análisis de contenido. Emergieron las siguientes problemáticas: debilidades en la validez científica y argumentación bioética de los protocolos de investigación; imprecisión de roles de los investigadores; vacíos y desactualización de la normatividad colombiana;  inadecuada valoración del riesgo, de la beneficencia y no maleficencia para los participantes; procesos de consentimientos informados inadecuados; coberturas inadecuadas de las pólizas; conflictos de interés de investigadores y de integrantes de los Comités de Ética de Investigación en salud en humanos. Se concluye que los Comités de Ética de Investigación en salud en humanos evalúan los proyectos buscando el equilibrio entre las políticas de investigación y los derechos de los participantes. El investigador debe reflexionar sobre los aspectos bioéticos y biojurídicos, prever situaciones eventuales en la investigación y las acciones para prevenirlas o resolverlas, aplicando el principio de precaución.