Background: With the progression of the Coronavirus disease pandemic, the number of mutations in the viral genome has increased, showing the adaptive evolution of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 in humans and intensification in transmissibility. Long-term infections also allow the development of viral diversity. In this study, we report the case of a child with severe combined immu presenting a prolonged severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 infection. We aimed to analyze 3 naso-oropharyngeal swab samples collected between August and December 2021 to describe the amino acid changes present in the sequence reads that may have a role in the emergence of new viral variants. Methods: The whole genome from clinical samples was sequenced through high throughput sequencing and analyzed using a workflow to map reads and then find variations/single-nucleotide polymorphisms. In addition, the samples were isolated in cell culture, and a plaque forming units assay was performed, which indicates the presence of viable viral particles. Results: The results obtained showed that the virus present in all samples is infectious. Also, there were 20 common mutations among the 3 sequence reads, found in the ORF1ab and ORF10 proteins. As well, a considerable number of uncommon mutations were found. Conclusions: In conclusion, we emphasize that genomic surveillance can be a useful tool to assess possible evolution signals in long-term patients.

Introdução A resistência antimicrobiana, especialmente em patógenos Gram-negativos clinicamente importantes, atingiu um nível crítico, com o surgimento de resistência a quase todos os antibióticos disponíveis. Acinetobacter baumanii (CAb) estão entre os principais patógenos causadores de infecções hospitalares, especialmente em Unidades de Terapia Intensiva (UTIs). De acordo com a Agência Brasileira de Vigilância Sanitária (ANVISA, 2013) mais de 80% dos CAb de UTIs eram resistentes aos carbapenêmicos (CRAB). Neste contexto, o CRAB tem sido endêmico e as polimixinas são terapia de primeira linha para o tratamento de infecções causadas por este patógeno. Após o surgimento da pandemia de COVID-19, observamos um aumento das taxas de incidência de infecções por CRAB na nossa instituição. Objetivo Avaliar o impacto da pandemia de COVID-19 na concentração inibitória mínima (CIM) à polimixina B (PMB) dos isolados CRAB de amostras clínicas de pacientes atendidos no Hospital de Clínicas de Porto Alegre. Métodos Um estudo retrospectivo foi realizado para avaliar dados clínicos e microbiológicos de pacientes com cultura positiva para CRAB de janeiro de 2019 a Outubro de 2021 A identificação bacteriana foi realizada pelo sistema Vitek©MS (bioMérieux, França) e a sensibilidade à PMB foi realizada pelo método de microdiluição em caldo de acordo com BrCAST. Resultados: Foi obtido um total de 299 isolados de CRAB (2019, n = 25; 2020, n = 164; 2021, n = 109). Em 2019, 36% das amostras foram provenientes do trato respiratório inferior (aspirado traqueal/escarro/LBA). Já em 2020 e 2021, 74% dos CRABs foram isolados desse sítio. O percentual de sensibilidade de CRAB à PMB em 2019, 2020 e 2021 foi de 92%, 92,7% e 91,7%, respectivamente. A CIM para PMB variou de 0,25-32 μg/mL e CIM50/CIM90 foram 0,5 μg/mL/2,0 μg/mL, respectivamente em todos os períodos analisados. Em 2019, 2021 e 2021 apenas 2 (8%), 12 (7,3%) e 9 (8,3%) isolados CRAB apresentaram resistência à PMB (MIC ≥ 4 μg/mL). Não houve diferença estatisticamente significativa na variação da CIM para PMB em isolados de CRAB nos períodos analisados. Conclusão A prevalência de resistência à polimixina B em isolados CARB, bem como os valores de CIM50 e CIM90, ainda se mantém em níveis baixos na nossa instituição, mesmo após a pandemia de COVID-19. O acompanhamento da suscetibilidade do Acinetobacter baumannii é importante para o monitoramento da resistência e conhecimento da epidemiologia local.

Introdução A infecção viral aguda do trato respiratório corresponde a 80% de todas as doenças respiratórias agudas, levando a grande morbimortalidade. Em menores de cinco anos, a mortalidade global combinada de apenas influenza e VRS atinge 300.000 mortes a cada ano. Objetivo Avaliar a prevalência de vírus respiratórios em crianças menores de 5 anos internadas em um hospital terciário antes e durante a pandemia de COVID-19. Método Estudo descritivo transversal incluindo amostras de swab nasofaríngeo de crianças < 5 anos para a pesquisa de Adenovírus (ADE), Influenza A (FLUA), Influenza B (FLUB), Parainfluenza 1, 2 e 3 e Vírus Respiratório Sincicial (VRS) pelos métodos de Imunofluorescência indireta (triagem) e imunofluorescência direta (identificação do vírus). Foram incluídas amostras analisadas nos meses de agosto a setembro de 2019 (antes da pandemia de COVID-19), agosto a setembro de 2020 e agosto a setembro de 2021 (durante a pandemia). Resultados Entre 1° de Agosto/2019 e 30 de Setembro/2019, 139 testes foram realizados e 33 (23,7%) amostras foram positivas. O vírus mais prevalente foi FLUA com 7 casos positivos (21,2%), seguido de Parainfluenza tipo 3 com 6 casos (18,2%), VRS com 5 casos (15,2%) e Parainfluenza tipo 2 com 4 casos (12,2%). Em 2020, no primeiro ano de pandemia, 44 testes foram realizados e apenas 1 amostra foi positiva para o ADE. Em 2021, um total de 148 testes foram realizados no período de estudo e 81 (54,7%) amostras tiveram resultado positivo para os vírus pesquisados. VRS e Parainfluenza tipo 3 foram responsáveis por 94% dos casos de infecções em crianças <5 anos na instituição, 50 (61,7%) e 26 (54,7%) casos positivos, respectivamente. No ano de 2019, a maioria dos pacientes positivos estavam na faixa etária de 2 a 3 anos (91%). Já em 2021, 77% dos casos positivos foram observados em crianças menores de 1 ano. Na pesquisa de SARS-CoV-2, de 61 pacientes testados, apenas 2 (3%) apresentaram resultado positivo. Conclusão Após o segundo ano da pandemia de COVID-19 (2021), houve um aumento dos casos de infecção por VRS e Parainfluenza tipo 3 quando comparado ao mesmo período de 2020 e 2019. Além disso, houve uma concentração de casos positivos na faixa etária de 0 a 2 anos durante a pandemia. Essa alteração no perfil de positividade entre os anos de 2020 e 2021 pode ser devido ao relaxamento das medidas de prevenção ao SARS-CoV-2, uma vez que essas medidas também contribuem para o controle de outras infecções respiratórias.

No abstract

IntroductionThe incorporation of molecular genetic testing into cystic fibrosis (CF) screening programs increases the specificity of the diagnostic strategy and has the potential to decrease the rate of false-positive results. In this sense, our objective was to develop a genotyping assay that could detect 25 pathogenic variants in the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) gene with high sensitivity and that could be incorporated into the routine of newborn screening, complementing the current existing protocol used in our public health institution. Methods A mini-sequencing assay was standardized using single-base extension in a previously genotyped control sample. This strategy was validated in a Brazilian cohort of CF patients by Sanger sequencing. ResultsThe inclusion of the 25 variants in the current newborn screening program increased the identification rates of two alleles from 33 to 52.43% in CF patients. This new approach was able to detect a total of 37 variants, which represents 93.01% of all mutated alleles described in the last CF Brazilian Register. Conclusions Mini-sequencing for the simultaneous detection of 25 CFTR gene variants improves the screening of Brazilian newborns and decreases the number of inconclusive cases. This method uses minimal hands-on time and is suited for rapid screening, which reduces sample processing costs.