Introducción: la información de la vigilancia en salud pública permite la detección de patrones inusuales en los datos, con el fin que las respuestas de salud pública sean oportunas y contribuyan a la disminución de la morbimortalidad de la población infantil. Objetivos: describir un modelo de monitoreo diseñado para la identificación de comportamientos inusuales y conglomerados de defectos congénitos, así como el incremento en la frecuencia del evento en comparación con el número de casos notificados históricamente. Materiales y Métodos: estudio descriptivo retrospectivo que incluye el análisis de los casos notificados al sistema de vigilancia en salud pública (Sivigila) durante los últimos tres años, agrupados y comparados con las prevalencias de acuerdo con lo reportado por el ECLAM. Se usó la distribución de probabilidades de Poisson y se identificó aquellas entidades territoriales en donde se observan diferencias significativas entre lo esperado y lo observado con un valor de significancia <0,05 (p<0,05). Resultados: se identificaron prevalencias superiores en holoprosencefalia, microcefalia, polidactilia, defectos por reducción de miembro inferior y coartación de la aorta. Los comportamientos inusuales de los defectos congénitos de sistema nervioso central se concentran en anencefalia, espina bífida, hidrocefalia, microcefalia. Conclusiones: las condiciones particulares de cada municipio y/o departamento y el comportamiento de los defectos congénitos en algunas áreas podría indicar que las mujeres en estado de gestación son susceptibles a mayores riesgos en zonas particulares, y que este riesgo en particular podría ser el resultado de diversas inequidades en salud generadas por las interacciones sociales, ambientales y comportamentales.